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根據文獻報道 ，鏈黴親和素SA的分離純化有兩種方法:

（1）經典方法包括硫酸銨沉澱 、離子交換層析 、結晶等流程 。由於硫酸銨使培養液中的SA和內源性蛋白酶被共同濃縮 、沉澱 ，因此蛋白酶作用加強 ，結果使SA分子降解 ，最後分離到的SA 分子量為60kD 左右 ，許多作為商品的核心SA就是將其進一步處理後得到 。

（2）親和層析法 ，使用2-亞氨基生物素瓊脂糖凝膠4B親和柱 ，其與SA的親和力隨pH的下降而減弱 ，在pH 10~ 11範圍內 ，兩者緊密結合 ，當pH降至4時 ， SA即被解離下來 ，由於在pH 4~ 11範圍SA活性不受影響 ，因此分離純化SA效果良好 。使用這一方法可直接從培養液中分離SA,因此省略了沉澱 、濃縮等步驟 ，從而減弱了內源性蛋白酶的作用 。