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磁珠法核酸提取裂解液常用試劑及作用原理介紹
磁珠法核酸提取是以納米生物磁珠為載體的一種新型核酸提取技術 ,核酸分子可與磁珠表麵的矽羥基發生特異性識別與結合 ,在外部磁場的作用下發生聚集或分散 ,徹底擺脫傳統核酸提取過程中離心 、抽取上清液等手工操作流程 ,從而實現核酸的自動化提取 。廣泛應用於臨床疾病診斷 、輸血安全 、法醫學鑒定 、環境微生物檢測 、食品安全檢測 、分子生物學研究等多種領域 。
磁珠法核酸提取一般包括裂解 、結合 、洗滌 、洗脫四個主要步驟 ,每一步驟又可由多種不同的方法單獨或聯合實現 ,其中裂解環節是決定提取之質量的重中之重 ,經常也會有老師問到應該如何對裂解液進行優化 。那麽 ,大獎國際就來分析一下配置裂解液經常用的試劑及其作用原理 。
1 、鹽酸胍 、尿素
鹽酸胍在濃度為4-8mol時可斷裂氫鍵 ,有兩種可能機製 :1 、變性蛋白和鹽酸胍 、尿素優先結合 ,形成變性蛋白-變性劑複合物 ,當複合物被除去 ,引起N-D反應平衡向右移動 ,隨著變性劑濃度增加 ,天然狀態的蛋白不斷轉變為複合物 ,最終導致蛋白質完全變性 ;2 、鹽酸胍 、尿素對氨基酸具有增溶作用 ,能形成氫鍵 ,當濃度高時,能破壞水的氫鍵結構 ,成為非極性殘基的較好溶劑 ,使蛋白質內部的疏水殘基伸展和溶解性加強 ,鹽酸胍 、尿素引起的蛋白變性往往是不可逆的 。
同時鹽酸胍是一個核酸酶的強抑製劑 ,但並不是一種足夠強的變性劑 ,可以允許完整的RNA從富含RNase的組織中提取出來 。高濃度尿素同樣可以使使蛋白質變性並抑製Rnase活性 。
2 、異硫氰酸胍
蛋白質變性劑,能迅速溶解蛋白質 ,導致細胞結構破碎 ,核蛋白由於其二級結構的破壞消失而迅速與核酸分離 。在通常使用的蛋白質變性劑中作用最強的是異硫氰酸胍 ,它們可以使多數蛋白質轉換成一種隨機的卷曲狀態 。含有強力的陰離子和陽離子基團 ,它們可以形成較強的氫鍵 。在還原劑存在的情況下 ,異硫氰酸胍可以斷裂氫鍵 ,而去垢劑 ,如SDS存在的情況下 ,可以破壞疏水作用 。
3 、二硫蘇糖醇(DTT)
二硫蘇糖醇的主要作用是破壞RNase蛋白質中的二硫鍵 ,使Rna酶變性 ,同時抑製酚類氧化引起的磷酸二酯鍵的斷裂及導致RNA和DNA的交聯 。
二硫蘇糖醇刺激性氣味不大 ,毒性較低 。由於容易被空氣氧化 ,因此DTT的穩定性較差 ;但冷凍保存或在惰性氣體中處理能夠延長它的使用壽命 。由於質子化的硫的親核性較低 ,隨著pH值的降低 ,DTT的有效還原性也隨之降低 ;DTT或含有DTT的溶液不能進行高壓處理 。
4 、蛋白酶K
一種切割活性較廣的絲氨酸蛋白酶 。它切割脂族氨基酸和芳香族氨基酸的羧基端肽鍵 。此酶經純化去除了RNA酶和DNA酶活性 。由於蛋白酶K在尿素和SDS中穩定 ,還具有降解天然蛋白質的能力 ,因而它應用很廣泛 ,包括製備脈衝電泳的染色體DNA ,蛋白質印跡以及去除DNA和RNA製備中的核酸酶 。蛋白酶K的一般工作濃度是50—100μg/ml 。在較廣的pH範圍內(pH 4-12.5)均有活性 。
以上是裂解液中常用的試劑 ,在實際操作中針對不同的樣本(植物組織 、動物組織 、全血 、血清 、質粒)應配製不同濃度的裂解緩衝液 ,並根據樣本的狀態(質量 、體積)及期望達到的實驗結果(核酸的濃度 、OD比值)對裂解液的濃度進行調整 ,此外 ,還要對結合 、洗滌 、洗脫三個步驟進行優化 ,從而得到較完美的核酸提取方案 。